根据不同的操作系统和存储场景，系统硬盘的文件系统格式选择需考虑兼容性、性能和功能需求。以下是综合分析及推荐：

一、主流文件系统特点对比

NTFS（New Technology File System）

优势：

支持大文件（最大256TB）、权限管理、数据加密、日志功能及磁盘碎片整理。

缺点：macOS默认只读，需第三方驱动（如NTFS-3G）。

适用场景：Windows系统盘、企业级数据存储、需要安全性和大容量存储的场景。

FAT32

优势：

跨平台兼容性最强（Windows/macOS/Linux均支持读写）。

缺点：单文件大小限制为4GB，无权限管理，安全性低。

适用场景：小容量U盘、多设备共享的小文件传输（如文档、图片）。

exFAT

优势：

突破FAT32的4GB限制，跨平台兼容性较好。

缺点：无日志功能导致数据恢复困难，碎片化问题严重。

适用场景：大容量移动硬盘、SDXC存储卡、高清视频传输。

APFS（Apple File System）

优势：

专为SSD优化，支持快照、空间共享（macOS独占）。

缺点：Windows/Linux需第三方工具读写，非苹果设备兼容性差。

适用场景：macOS系统盘、Time Machine备份、苹果生态内数据共享。

HFS+（Hierarchical File System Plus）

优势：

macOS原生支持，安全性较高。

缺点：不支持大文件（最大4GB），跨平台兼容性较差。

适用场景：macOS系统盘、需要高安全性的数据存储。

ext4（Fourth Extended File System）

优势：

高稳定性，支持日志和在线扩展，适合Linux系统。

缺点：macOS不原生支持，Windows需第三方工具。

适用场景：Linux系统盘、需要长期稳定运行的服务器。

二、系统硬盘格式选择建议

Windows系统

推荐格式：

NTFS（日常使用）或exFAT（大容量移动硬盘）。

注意事项：若需与macOS共享，需安装NTFS-3G等第三方驱动。

macOS系统

推荐格式：

APFS（系统盘）或HFS+（普通硬盘）。

注意事项：SSD建议使用TRIM支持的格式（如exFAT）以延长寿命。

Linux系统

推荐格式：

ext4（默认且优化良好）。

注意事项：部分特殊场景可考虑XFS（大文件存储）。

三、其他注意事项

格式化方式：优先选择完全格式化以确保数据清除彻底，避免残留。

分区策略：系统盘建议单独分区（如MBR或GPT），数据盘使用大容量文件系统。

兼容性测试：重要数据迁移前需在目标系统测试文件系统读写性能。

综上，Windows系统盘推荐NTFS，macOS系统盘推荐APFS或HFS+，大容量移动硬盘推荐exFAT，而普通机械硬盘或SSD（非苹果设备）建议使用NTFS以获得最佳性能和安全性。