OA费控系统尽管在提高办公效率和财务管理方面取得了一定成效，但仍存在以下缺点：

功能完整性不强：

由于缺乏对企业信息系统整体布局的考虑，OA费控系统在功能上可能不够全面，无法满足企业多样化的需求。

财务业务逻辑理解不足：

OA系统在处理财务业务时，可能由于对“办公”和“财务”业务逻辑理解不清晰，导致处理上下游业务逻辑时出现问题。

业务梳理不系统：

系统未能全面梳理企业所有业务，导致很多财务场景考虑不周全，影响费控管理的效果。

信息传递效率低：

OA系统传递的信息主要依赖Word、Excel等文档资料，不易于有效采集和作为后续数据统计分析的基础。

流程标准化不足：

虽然能够实现流程管理，但流程标准化程度不足，对流程的控制手段有限。

数据勾稽关系不明确：

系统内数据之间的勾稽关系不明确，导致数据交互和与异构系统的集成效果不理想。

系统性能问题：

随着使用时间的增长，系统运行速度变慢，数据备份也变得困难。

个性化配置不足：

一些OA费控系统在个性化配置方面存在不足，难以满足企业的特殊需求。

实施和维护成本高：

OA系统的实施和维护需要投入大量成本，包括购买成本、人员培训成本及后续升级维护费用，这对小型企业来说可能构成经济负担。

安全风险：

OA系统涉及企业机密信息，安全防护措施不到位可能导致信息泄露或被非法访问。

用户适应性差：

部分员工在初次使用OA系统时可能感到不适应，需要较长时间进行培训和学习。

功能不细致：

一些免费OA系统功能模块堆砌，但细节和深度不足，实际效用大打折扣。

使用不方便：

免费OA系统设计未充分考虑用户习惯，界面混乱、操作繁琐，增加员工负担，影响推广使用。

工作流不适用：

免费OA系统的工作流功能可能不够强大，无法满足复杂业务流程管理的需要。

综上所述，企业在选择OA费控系统时，应充分考虑这些缺点，并根据自身实际需求选择最适合的系统。对于功能需求较为复杂的企业，建议选择功能更为全面、个性化配置灵活且易用的OA费控系统。