内部审计系统主要包括以下几个方面：

财务审计

对会计报表、资产、负债、所有者权益以及损益的审计。

审查企业财务收支的合法性、真实性、效益性。

确保财务报表准确可靠。

经营审计

审查企业物资供应、生产组织、技术工艺、资源利用、成本、存货资金以及产品销售状况。

评估生产经营全过程的合理性、经济性、效率性和有效性。

管理审计

审查企业管理职能以及各管理职能部门的工作。

评估管理体系和管理工作的有效性。

风险管理

监督和评价企业风险管理系统的有效性。

识别、衡量和分析潜在的事故或损失，并进行有效控制。

内部控制制度和风险评估

审查内部控制系统，确保其健全性、恰当性及有效性。

评估组织面临的风险，并提出改进建议。

特定行业审计内容

根据不同行业和领域特点，进行特定的审计，如医疗卫生行业的医疗收费监控、行政事业单位的预算执行监控等。

操作审计

审查公司的管理程序，以确保其符合法律法规和内部政策。

信息系统审计

审查公司的信息系统，以确保其安全性和可靠性。

合规性审计

审查公司的合规性，以确保其符合法律法规和内部政策。

这些内容共同构成了内部审计系统的核心，旨在通过独立的检查、监督和评价活动，提升企业的运营效率、财务透明度和风险管理能力。