在PE系统中，可以使用以下几款软件来安装操作系统：

WinNTSetup：

这是一款可以在MBR和GPT分区形式下安装原版Windows映像的工具，通常包含在PE系统中。

微PE工具箱：

这是一个用户友好的预安装环境（PE系统），特别适合初学者用来安装操作系统。它提供了一个纯净、无广告的界面，可以通过U盘启动并安装系统。微PE工具箱体积小、速度快，且功能完善。

老毛桃装机软件：

这是一款在PE系统桌面下使用的装机软件，可以通过U盘启动并进行系统安装。

WePE 2.2：

这是一款32位和64位的PE系统软件，提供了硬盘分区、数据恢复、系统安装和维护优化等一系列工具。

优启通：

这是一款兼容性高、稳定、体积小的U盘PE系统软件工具，支持系统双功能启动，并拥有全新制作、免费升级、撤销还原等功能。

这些工具各有特点，用户可以根据自己的需求和偏好选择合适的工具来在PE系统中安装操作系统。