华为Mate 50 Pro在出厂时将会预装 鸿蒙3.0系统。如果后续华为发布鸿蒙4.0，预计也会在之后进行更新。鸿蒙3.0系统预计在2022年7月或8月开始推送更新，支持的机型包括华为P50、P50 Pro、P50 Pocket、Mate 40、Mate 40 Pro、Mate 40 Pro 4G、Mate 40 Pro+、Mate 40 RS保时捷设计。