苹果iPhone 5S最适合的系统版本是 iOS 9。根据最新的信息，iOS 9是为首款64位处理器设计的，能够充分发挥其性能，并且从iOS 13发布以来，苹果5S已经经历了四个iOS版本，软件兼容性能都能满足。尽管有用户反映升级到iOS 10和iOS 11后会出现卡顿、耗电和发热等问题，这些问题在开发者版iOS系统中较为常见，因此如果用户没有备用机，最好不要轻易升级。此外，也有建议认为iOS 8或iOS 9是较为理想的选择，因为苹果后续的更新可能不再针对旧版本进行优化，而iOS 9或10版本相对稳定，功能也较为完善。

综合考虑，iOS 9是苹果5S的最佳系统版本，因为它能够提供良好的兼容性和长久的软件支持，同时也能充分发挥设备的性能。如果用户对设备的流畅度和安全性有较高要求，可以考虑升级到最新系统，但可能会牺牲一部分稳定性。