系统发生，也称为系统发育或系统发生学，是 研究生物进化规律及物种间亲缘关系的学科。它通过比较物种的形态学、生理生化特征以及遗传信息，来推断物种在进化过程中的地位和关系。系统发生的结果通常以系统发生树（Phylogenetic tree）表示，这棵“树”描述了物种之间的进化关系，从共同的祖先开始，分支演化出不同的物种。

系统发生不仅限于动物种系的发生和发展，也适用于系统学各个层面的分类单元，包括细菌、古菌和真核生物等。在系统发生学中，有多种方法可以用来研究生物的进化关系，包括比较形态学特征、分子生物学方法（如rRNA序列分析）等。

系统发生学的研究对于理解生物的进化历程、物种的起源和演化以及生物多样性的形成具有重要意义。通过系统发生学，科学家们可以更好地理解生物的适应性和进化机制，从而为生物保护和利用提供科学依据。