JavaEE开发涉及开发环境和运行环境两个层面的系统选择，具体如下：

一、开发环境系统选择

Windows系统

多数开发工具（如JDK、Eclipse、MyEclipse）在Windows下运行稳定且用户界面友好，适合初学者和日常开发。

优势：开发工具集成度高，便于快速搭建开发环境。

Linux系统

服务器端部署需求推荐使用Linux（如CentOS、Ubuntu），便于进行系统配置、权限管理及与服务器环境集成。

优势：性能优越，适合高并发、高负载的企业级应用部署。

二、运行环境系统选择

Windows系统

可运行在Windows Server或IIS（Internet Information Services）上，适合开发和测试环境。

Linux系统

企业级应用通常部署在Linux服务器（如Tomcat、WebSphere）上，利用其稳定性、安全性和丰富的管理工具。

三、其他注意事项

工具兼容性：

JDK是Java开发的核心工具，支持Windows和Linux系统；Tomcat等服务器也可在两种系统上运行。

开发与生产环境分离：建议在Windows下开发，在Linux下部署，避免直接在服务器上安装开发工具。

综上，JavaEE开发系统选择需结合开发便利性和运行环境需求，开发阶段优先考虑Windows，生产环境推荐Linux。