苹果iPhone 6 Plus在iOS 8和iOS 9系统下运行最为流畅。根据最新的用户反馈和专业评测，iOS 8和iOS 9是这两个机型最兼容且性能最优的系统版本。在这两个系统中，iPhone 6 Plus能够达到最快的运行速度和最低的功耗。尽管苹果公司不断推出新的系统更新，但由于硬件限制，较新的iOS版本（如iOS 10、iOS 11和iOS 12）在iPhone 6 Plus上的表现可能不如旧版本流畅。特别是iOS 11和iOS 12，用户普遍反映会出现卡顿和反应迟缓的问题。因此，对于iPhone 6 Plus用户来说，iOS 8和iOS 9是最佳选择。如果考虑升级系统，iOS 10.3.3被一些用户认为是一个较为稳定且流畅的版本，但总体而言，iOS 8和iOS 9仍然是更优的选择。