北斗系统的管理部门涉及多个层面，具体如下：

主要管理部门

北斗系统由中国 卫星导航系统管理办公室（CSMO）负责总体管理。该机构是国务院直属事业单位，承担着北斗系统的规划、建设、运行和管理职责。

联合管理单位

北斗系统的建设涉及多个部门协同合作，包括：

交通运输部：

负责交通领域的导航服务管理；

国土资源部：参与资源调查与导航系统的资源整合；

国家测绘地理信息局：提供地理信息数据支持；

中国气象局：结合气象信息提升导航精度；

中国地震局：在地震监测等特殊领域应用导航技术；

中国科学院：提供技术研究与创新支持；

教育部：推动导航技术在教育领域的应用。

运行原则

实施“统一规划、统一标准、共建共享”原则，构建全国一张网，实现部门间、地区间和用户间资源统筹与数据共享。

其他说明

北斗系统作为国家重大战略基础设施，其管理架构可能根据技术发展和管理需求进行动态调整，建议通过国务院官网或权威媒体报道获取最新信息。